Kiekvieno muziejaus paskirtis – išsaugoti ir parodyti istorinio ir kultūrinio palikimo vertybes, atskleisti jų turinį. Muziejus šį darbą dirba komplektuodamas fondus, naudodamas reikalingas apsaugos priemones, tyrinėdamas ir eksponuodamas įsigytas vertybes.

Muziejaus rinkiniai formuojami taip, kad atspindėtų mūsų rajono įvairiapusiškumą.

Jonavos krašto muziejuje saugoma virš 40000 vienetų muziejinių vertybių, iš kurių 25000 vnt. yra pagrindinio fondo eksponatai.

Muziejaus pagrindinį fondą sudaro nuolatiniam saugojimui priimti meninę, istorinę, etnografinę, mokslinę, religinę, memorialinę ar kitokią kultūrinę vertę turintys autentiški eksponatai. Kasmet muziejaus rinkiniai papildomi 1- 1,5 tūkst. saugomų vienetų.

Pagal patvirtintą klasifikaciją muziejinės vertybės suskirstytos į 13 rinkinių, kurie smulkiau suskirstyti į 68 pogrupius.

Jonavos krašto muziejaus rinkinių sudėtis pagal daiktų grupes yra tokia:

– Archeologiniai radiniai.
– Istoriniai eksponatai.
– Fotonuotraukos.
– Fotonegatyvai
– Fonotekos, filmotekos, videotekos.
– Plakatai.
– Dailės kūriniai.
– Filatelija, filokartija.
– Numizmatika, bonistika, faleristika.
– Samulevičių sodybos eksponatai.
– K. Bogdano eksponatai.
– Daiktinės muziejinės vertybės.
– Raštija.

Jonavos krašto muziejus savo archeologinių radinių kolekciją pradėjo kaupti nuo pat įsikūrimo. Didžiąją dalį kolekcijos sudaro žvalgomųjų archeologinių tyrimų metu rasti radiniai – tai Skarulių dvaro, Kulvos šv. Mergėlės Marijos bažnyčios, Jonavos arklių pašto stoties bei pavieniai radiniai, surinkti iš rajono gyventojų.

Rinkinyje saugomi akmens, geležies dirbiniai, įvairių keramikos dirbinių – puodų šukių, koklių fragmentai.

Daiktinių muziejinių vertybių kolekcijoje sukaupta gausi namų apyvokos daiktų, darbo įrankių, baldų, indų kolekcija. Patys pirmieji, seniausi ir vertingiausi eksponatai – medinės komodos, skrynios, XIX a. medinė spinta, linų apdirbimo įrankiai, žemės ūkio padargai. Taip pat surinkta daug tekstilės eksponatų – drabužių, lovatiesių, staltiesių, rankdarbių. Rinkinys nuolat papildomas daiktais organizuojant ekspedicijas mūsų rajono teritorijoje, taip papt dažnai rajono gyventojai patys pasiūlo eksponatų.

Istorinių eksponatų rinkinyje – suvenyrai, agitaciniai, tarnybiniai ir panašūs daiktai: vėliavos, gairelės, apdovanojimų dokumentai.

Raštijos rinkinyje saugoma, nors ir negausi, bet vertinga spaudos draudimo laikotarpio knygų, maldaknygių ir kitų spaudinių kolekcija.

Taip pat turime senosios lietuviškos periodikos – tai žurnalai „Aušra“, „Varpas“, „Ūkininkas“, senieji kalendoriai.

Raštijos kolekcijoje nemaža kartografijos, filumenijos (saugome virš 1330 vnt.), knygų bei vadovėlių, kurios muziejui padovanojo Antanas Ražinskas – žymus geodezininkas, Geodezijos ir kartografijos muziejaus įkūrėjas.

Muziejuje gausus fotonuotraukų rinkinys, kuriame saugomi krašto žmonių albumų rinkiniai, gausios istorinės – teminės, etnografinės – objektinės, gamtos kolekcijos.

Nemažą dalį rinkinio sudaro azotinių trąšų gamyklos fotografijos. Turime ir senosios fotografijos. Vertingiausios iš jų, tos kurios susijusios su Jonavoje – tarpukaryje veikusios fotoateljė „UNION“ istorija.

Fonotekos, filmotekos, videotekos rinkinyje saugomos juostos su folkloro įrašais, senosios plokštelės, kaupiama medžiaga iš muziejaus renginių, ekspedicijų.

Plakatų ir afišų rinkinyje saugomos agitacinių, atgimimo ir Sąjūdžio, rinkinių plakatų kolekcijos, plakatai, susiję su Lietuvos kariuomene.

Jonavos rajono tautodailininkų ir dailininkų kūriniai muziejuje pradėti kaupti nuo pat pirmųjų įsikūrimo metų.

Muziejuje organizuojamų parodų metu autoriai palieka po vieną savo darbą, papildydami dailės kūrinių rinkinį. Gausiai rinkinys pasipildė 2002 m., kai Jonavos rajono Šveicarijos kaime buvo atidarytas Tautodailės amatų centras.

Muziejus dėkingas rajono tautodailininkams ir dailininkams, kurie, padovanojo daug savo dirbinių.

Muziejuje saugomas Ipolito Valeravičiaus akvarelių rinkinys, kurį po jo mirties padovanojo dukra. Taip pat Stasės Kuzerytės – Ragelienės paveikslai, kuriuos giminės po jos mirties padovanojo mūsų muziejui.

Didelę dalį dailės kūrinių kolekcijos sudaro ikonos.

Taip pat turime vertingą mūsų kraštiečio skulptoriaus, humanitarinių mokslo daktaro, vieno iš Lietuvos bajorų karališkosios sąjungos steigėjų, Jonavos Garbės piliečio Konstantino Bogdano pypkių kolekciją. Kolekcijos pagrindą sudaro pypkės parvežtos iš įvairių pasaulio kraštų, dovanotos žymių žmonių, tabokinės, peleninės, pypkių priežiūros reikmenys. Konstantinas Bogdanas padovanojo skulptūrinių biustų ir heraldikos rinkinį.

Filatelijos, filokartijos rinkinyje – tarybinio laikotarpio pašto ženklų, atvirukų kolekcijos.

Numizmatikos, bonistikos ir faleristikos rinkiniuose – monetų bei banknotų pavyzdžiai, medaliai.